Mindaugas Morkūnas
Padalinys: Vaizdų ir signalų analizės grupė
Pareigos: doktorantas
Kryptis: informatikos inžinerija
Dirba: Akademijos g. 4, 608A kab., Vilnius
Telefonas: (8 5) 210 9312
Elektroninis paštas:
Doktorantūros studijos
Preliminari tema Modelis navikų genetinių pokyčių ir biožymenų raiškos duomenų integravimui
Vadovas doc. dr. Povilas Treigys
Konsultantas prof. dr. Arvydas Laurinavičius
Studijų laikas 2016 10 01–2020 09 30
Tikslas: Pasiūlyti naujus būdus vėžio ląstelių subpopuliacijų atpažinimui ir heterogeniškumo vertinimui.
Uždaviniai:
- Apžvelgti esamus vėžinių audinių atpažinimo ir heterogeniškumo vertinimo metodus pilno pjūvio vaizduose.
- Sukurti ir ištirti naujus skaitmeninių patologijos vaizdų analizės metodus integruojant genetinius duomenis.
- Sukurti programų sistemos prototipą, kuriame būtų įgyvendinti pasiūlyti vėžio ląstelių subpopuliacijų atpažinimo ir heterogeniškumo vertinimo būdai.
Pranešimai mokslinėse konferencijose
15th European Congress on Digital Pathology, Warvick (UK), 2019 m. balandžio 10-13d. "Quantitative Analysis of Tumor Collagen Fiber Features in Histology Images Predicts Overall Survival of Breast Carcinoma Patients"
10th International Workshop of Data Analysis Methods for Software Systems, 2018 m. lapkričio 29 d. - gruodžio 1 d., Druskininkai (Lietuva). "Deep Learning-based Method for Quantitative Collagen Framework Analysis in Routine Pathology Images"
Metinė ataskaitinė Informatikos inžinerijos krypties doktorantų konferencija, 2018 m. spalio 25 d., Vilnius „Modelis navikų genetinių pokyčių ir biožymenų raiškos duomenų integravimui“ (mokslinė ataskaita, skaidrės)
Innovative Pathology, September 20, 2018, Vilnius, Lietuva. "Tumor Microenvironment – Learning from Collagen Framework"
Metinė ataskaitinė Informatikos inžinerijos krypties doktorantų konferencija, 2017 m. spalio 25 d., Vilnius „Modelis navikų genetinių pokyčių ir biožymenų raiškos duomenų integravimui“ (mokslinė ataskaita, skaidrės)
9th International workshop on Data Analysis Methods for Software Systems (DAMSS), November 30 - December 2, 2017, Druskininkai, Lietuva "Impact of colour on colorectal cancer tissue classification in hematoxylin and eosin stained histological images"
Kompiuterininkų dienos - 2017 2017 m. rugsėjo 21-22 d., Kaunas, Lietuva. "Machine Learning Based Classification of Colorectal Cancer Tumor Tissue in Whole-Slide Images"
9th European Regional Conference on Thoracic Oncology 2017 m. birželio 16-17 d., Vilnius, Lietuva. "Intra-tumor Genetic Heterogeneity of Lung Adenocarcinoma as Investigated by Next Generation Sequencing"
NEUBIAS2020: network of european bioimage analysts, 2017 m. vasario 15-17 d., Lisbon, Portugal "Whole-slide Pathology Images Spatial Mapping of Intra-tumor Genetic Heterogeneity"
8th International Workshop of Data Analysis Methods for Software Systems 2016 m. gruodžio 1-3 d., Druskininkai, Lietuva."An Overview of Methods to Spatially Map Intra-tumor Genetic Heterogeneity in Whole Slide Pathology Images"
Moksliniai interesai
Kloninė naviko ląstelių evoliucija yra būdinga daugumai vėžio tipų. Navikai yra genetiškai unikalūs dėl skirtingo pavieniame klone egzistuojančių mutacijų rinkinio, galimų klonų derinių. Ši problema kelia didelių diagnostinių sunkumų ir yra kritinė individualizuotos vėžio terapijos plėtrai. Gebėjimas vėžio patologijos vaizduose identifikuoti skirtingas genetines naviko ląstelių subpopuliacijas atvertų naujas galimybes tiek vėžio diagnostikai tiek terapijai.
Pagrindiniai mokslinių tyrimų tikslai:
Naviko kloninės struktūros predikcija iš genetinių duomenų.
Skaitmeninė patologijos vaizdų analizė naviko ląstelių subpopuliacijoms aprašyti pilno pjūvio vaizduose (angl. "whole slide image").
Navikų genetinės ir vaizdo analizės sujungimas viename modelyje.
·